剧雪老公南普陀寺最早记载为五代僧人清浩建于五老峰山间，初称泗洲院。北宋僧人文翠改建称无尽岩。元朝一度毁废。明初觉光复建，改名为寺。明末明光迁建于山前，院舍齐备，住僧百余众，清初又废于兵祸。清康熙二十三年（1684年），靖海候施琅收复后驻镇厦门，捐资修复，又增建大悲阁奉，并以之与浙江普陀山道场相类，比且在浙江普陀山的南面，更名为南普陀寺。此后数百年来，经历代主持景峰、省己、喜参诸多次扩建，至初年，已构成三殿七堂俱全的禅寺格局，成为近代闽南最具规模的名刹。
南普陀寺历来是临济喝云派的子孙。十三年（1924），喝云派裔主持转逢将改为十方丛林，并按丛林规制，推选黄蘗系的会泉为首任方丈。第二年，又在寺内创办闽南院。会泉退任后，选聘一代高僧太虚大师为继任方丈，并主持闽南院。从此，海内高僧弘一、印顺等相继往来住锡，十方佛子竞相入院参道修学，一时佛门称盛，名闻中外。
十年，历经。后，国家落实教政策，重视复建。南普陀寺在当代高僧妙湛长老的住持下，重兴寺宇，增建，1985年复办闽南院，1994年创办全国第一所佛教慈善事业基金会。古刹盛世重光，梵呗钟磬不绝，佛苑法缘殊胜，利生并传。
1997年，南普陀寺两序大众礼请中国佛教协会副会长圣辉为第九任至第十一任方丈。2005年10月，则悟荣膺南普陀寺第十二任方丈。
佛日高悬的南普陀寺，已建设成为一座遵规严修的道场，一所培养佛教人才的高等学府，一处佛教文化的学术机构，一块慈善事业的福地，一扇联系海外赤子的窗口，一个十方善信景仰朝参的佛教圣地。
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